2005年3月企业经过改制，成立了南京分析仪器厂有限公司。新厂区位于江苏省高新技术开发区——南京雨花经济技术开发区内，占地108亩，建筑面积53400平方米。本公司是专业从事在线分析技术研究、开发、生产的高科技实体，公司内设有从事新产品开发的研发中心；有控制产品质量和传递国家计量标准的质量检测中心；有以数控镗铣、数控车削、数控冲压等设备为主的精密加工中心。公司被江苏省和南京市授予高新技术企业。公司浓缩了南京分析仪器厂的精华，拥有一支长期从事在线成份分析仪器、过程分析预处理装置研究开发具有丰富经验的高中级技术人员组成的专业技术队伍，其中两人享受国家特殊津贴、一人被南京市命名为市跨世纪学科带头人。